Actualmente es Profesor-Investigador del Centro de Estudios Sociológicos de El Colegio de México, del cual fue director de 2006 a 2012. Doctorado en Ciencias Sociales (1988) por la Escuela de Altos Estudios en Ciencias Sociales (EHESS), en París, Francia, es Investigador Asociado del Grupo Sociedades, Religiones, Laicidades (GSRL), del CNRS ligado a la Escuela Práctica de Altos Estudios (EPHE, París, Francia) y del Kolleg-Forschungsgruppe Multiple Secularities, de la Universidad de Leipzig, Alemania. Miembro Emérito del Sistema Nacional de Investigadores. Ha sido miembro del Consejo de la Comisión Nacional de Bioética, de la Asamblea Consultiva del Consejo Nacional para Prevenir la Discriminación (CONAPRED) y del Consejo de Católicas por el Derecho a Decidir (México). Actualmente preside el comité científico internacional del Madrid Institute of Advance Studies (MIAS: España/Francia). En marzo de 2016 fue nombrado uno de los 15 miembros colegiados (vitalicios) de El Colegio de Sinaloa.

De marzo de 1995 a enero de 1998 fue Consejero en la Embajada de México ante la Santa Sede. Condecorado por ésta con el grado de “Caballero comendador de la Orden de San Gregorio Magno”. De febrero de 1998 a junio de 1999 fue Coordinador de Asesores de la Subsecretaría de Asuntos Religiosos de la Secretaría de Gobernación. Fue candidato ciudadano a una diputación federal de representación proporcional en 2003 y es el redactor de la iniciativa que condujo a la reforma del art. 40 de la Constitución para establecer formalmente la laicidad de la República mexicana.
 

Ha sido profesor en El Colegio de México, la Sorbona (París, Francia), la Escuela Práctica de Altos Estudios (París, Francia), Dartmouth College (NH, EUA) y la Universidad de Stanford (Cal., EUA). Ha publicado diez libros como autor único y una docena como coordinador, entre los cuales destacan su Historia de la Iglesia católica en México (1992), El sucesor de Juan Pablo II; escenarios y candidatos del próximo cónclave (2002), y en El Colegio de México, Los retos de la laicidad y la secularización en el mundo contemporáneo (2008). En ese año también se publicaron: Libertad religiosa, Estado laico y no discriminación (CONAPRED), Para entender el Estado laico (Nostra Ediciones). En 2013 publicó Las leyes de Reforma y el Estado laico: Importancia histórica y validez contemporánea (El Colegio de México-UNAM) En 2017 Los papas del tercer milenio; continuidades y rupturas (Siglo XXI Editores). En 2018 publicó como coordinador un Diccionario de las religiones en América latina, (El Colegio de México-Fondo de Cultura Económica), en 2019, La república laica en México (Siglo XXI Editores). En 2022 el INE le publicó Democracia y laicidad. Es autor de más de 70 capítulos en libros y una veintena de artículos en las revistas especializadas de mayor prestigio en su campo. Ha sido articulista semanal (alrededor de 1500 artículos) en los periódicos nacionales La Jornada y Milenio y otros periódicos nacionales o regionales, durante más de 30 años.